兩層存有論
所謂兩層的存有論，是通過康德「現象與物自身」的超越區分，把現象界視為所謂「執」的存有，把物自身界、睿智界叫做「無執」的存有，所以，他在《現象與物自身》那本書中的一章，談所謂「執相」與「無執相」的對照，他構造了現象界與睿智界的存有論，或者說是執的存有論與無執的存有論兩層。
這兩層的存有論和康德的建構其實是不同的，康德哲學的建構，重點是在知識論的建構，也就是通過「知性為自然立法」而說明如何從現象界來建構客觀知識，至於屬於睿智界的那個部份，並非人的智能所能及，因為人只具有「感觸的直覺」（sensible intuition），而不具有「智的直覺」（ intellectual intuition），只有上帝具有智的直覺。但是在牟先生的系統裏面，他通過了中國傳統的儒、道、佛三教工夫論的傳統，強調通過修養實踐的工夫，可以使人從做為一般性的存在，提升到一個更高存在的狀態，而當提升到一個更高存在狀態的時候，他認為那是一個本然之我的狀態，或者說那是一個回到本來面目的狀態。就儒家來講的話，那是一個具有「性智」的狀態，也就是孟子所說的「仁義禮智」的狀態，那樣的狀態用傳統的語詞歸約起來，就是所謂的「性智」；那麼道家，他用「玄智」這個詞；而佛教則用「空智」這個詞。 不管是儒家的性智、道家的玄智、佛教的空智，牟先生借用了康德「智的直覺」這個詞，而說東方的哲學儒道佛三教所呈現出來的，都說人不只是具有感觸的直覺，更具有智的直覺。智的直覺跟感觸的直覺有何不同呢？感觸的直覺只能及於「現象」，而智的直覺可以及於「物自身」，也就是說感觸的直覺把抓的是現象，而智的直覺創造了物自身，而物自身與現象是同一事物的兩個面相，這個地方，隱約可以看出智的直覺與感觸的直覺總的來講，是歸到那個本心，歸到那個一心說。
在這裏我們可以發現到，簡單的說，可以約略把兩層存有論的構造，歸到「一心開二門」的那個構造說出來。所謂一心開二門是牟先生借用了《大乘起信論》的構造，心分成兩門──心真如門和心生滅門。心真如門所對應的是物自身、睿智界；心生滅門所對應的就是一般生生滅滅的現象界，心真如門與心生滅門都還歸一心。 牟先生的兩層存有論的構造，還有一個特殊的地方在於論述回到了哲學的人類學的時候，他怎樣去正視人呢？正視人那個本來面目的我的狀態呢？那個我其實就是一個純粹的、超越的、自性的我，或睿智界的我，即可以及於物自身界的那個我，那個我不是經驗所能限制的，也不是歷史所能限制的，遠超乎經驗與歷史之上，而又作用於經驗與歷史之中的，所以牟先生講的這樣的一個我其實是一個超越的、純粹的形式之我，在儒家這個我是個道德的我，在佛家這個我是個解脫的我，在道家來講的話就是那個返樸歸真的那個真我，他以這個作為他哲學最高的一個支柱。